Ao longo das últimas décadas, também tem combatido epidemias devastadoras como o VIH/sida e a tuberculose, além de doenças negligenciadas, como a leishmaniose, a doença do sono e a doença de Chagas – males que afetam, na maioria dos casos, as pessoas mais pobres e para os quais há poucas opções eficazes de tratamento.

A MSF preocupa-se em providenciar os melhores cuidados médicos possíveis aos seus pacientes. Através da Campanha de Acesso a Medicamentos Essenciais (CAME), fazemos pressão para que haja mais investigação dirigida a novos medicamentos para as doenças negligenciadas, assim como acesso a esses medicamentos, e ainda a testes para diagnósticos e vacinas.

A MSF também chama a atenção para as necessidades das pessoas seropositivas, aperfeiçoando tratamentos e diagnósticos para a tuberculose, a doença que mais mata portadores do VIH.

Em 1999, a MSF foi cofundadora da Iniciativa de Medicamentos para Doenças Negligenciadas (DNDi, ou Drugs for Neglected Diseases initiative, no original em inglês), envolvendo investigadores, profissionais médicos e empresas farmacêuticas na busca por alternativas para desenvolver medicamentos. A DNDi tem como prioridade o estímulo à investigação e aos estudos. Em 2007, a iniciativa foi responsável pela formulação do ASAQ, medicamento bastante eficaz no tratamento da malária.