Os mosquitos reproduzem-se dentro de água, e abundam em particular durante a época das chuvas. Apesar de a forma mais básica de prevenção de picadas passar por dormir sob mosquiteiros impregnados com inseticida, o foco de propagação natural do inseto também precisa de ser eliminado. A pulverização com inseticida e a secagem de fontes de água estagnada são também estratégias utilizadas para controlar a proliferação de mosquitos.

O diagnóstico da malária é feito através de um teste de diagnóstico rápido ou de análise com microscópio por uma pessoa qualificada de um laboratório. Um diagnóstico rápido usa o sangue de uma picada num dedo e a sua execução é relativamente barata – e pode ser rapidamente ensinado a trabalhador de saúde comunitária sem formação prévia. Em algumas áreas, nenhum dos testes está disponível, pelo que o pessoal de saúde terá de diagnosticar crianças doentes apenas com base nos sintomas, levando a um excesso de diagnóstico de malária, deixando a causa real dos sintomas sem tratamento.

O tratamento mais eficaz para a malária é uma combinação de dois medicamentos, chamada terapia combinada à base de artemisinina (TCA). Estes medicamentos curam a maioria das infeções em três dias. O tratamento precoce é essencial a fim de evitar a malária grave, que implica hospitalização com antipalúdicos intravenosos. Pacientes com malária grave precisam frequentemente de transfusões de sangue, exigindo um banco de sangue seguro e abastecido de forma adequada, o que é difícil de ter em áreas com baixos recursos. Sem tratamento, ou com tratamento com uma demora significativa, a malária grave mata.

A recomendação da OMS em termos de TCA, que contém artemisinina como medicamento, foi um grande avanço, dado que substituiu tratamentos antigos e ineficazes como a cloroquina, ou o quinino. Mas o parasita da malária desenvolveu resistência à artemisinina em partes do Sudeste Asiático, o que significa que a TCA poderá já não ser eficaz. Se não for possível travar a propagação da resistência, isto representa um risco significativo para a saúde pública, e muito provavelmente levaria a um ressurgimento da malária, dado que não existem neste momento quaisquer novos medicamentos disponíveis.

Na região africana do Sahel, a malária é altamente sazonal e, na maioria dos casos, ocorre durante um período de 4 a 5 meses. Em 2012, a MSF coordenou uma quimioprevenção sazonal da malária (QSM) no Mali, na Nigéria e no Chade, que agora é utilizada em vários países. A QSM implica medicação contra a malária para prevenir a infeção nas pessoas que se encontram mais em risco – crianças com menos de 5 anos. A malária pode também ser prevenida evitando a picada dos mosquitos que carregam o parasita, através da utilização de mosquiteiros impregnados com inseticida, que estão indisponíveis para muitas pessoas.